Основними напрямами наукових досліджень в Академії є:
- Діяльність СБ України в особливий період.
- Протидія розвідувально-підривній і диверсійно-розвідувальній діяльності спецслужб рф та її сателітів проти України.
- Захист державного суверенітету, конституційного ладу і територіальної цілісності, оборонного і науково-технічного потенціалу, економічної безпеки, кібер- та інформаційної безпеки держави, об'єктів критичної інфраструктури.
- Удосконалення антитерористичної безпеки в Україні в умовах правового режиму воєнного стану.
- Протидія системним загрозам управління державою.
- Документування і розслідування злочинів проти основ національної безпеки та воєнних злочинів рф.
- Протидія ворожій пропаганді в умовах правового режиму воєнного стану.
- Пошук, збирання, обробка, аналіз і використання інформації з відкритих джерел в інтересах забезпечення державної безпеки.
- Забезпечення безпеки на деокупованих територіях України.
- Санкційна політика у стримуванні агресії рф.
- Система оперативно-бойової підготовки особового складу СБ України за стандартами НАТО.
- Реформування та посилення спроможностей СБ України.
- Генеза забезпечення державної безпеки України тощо.
Здійснюється інформаційно-аналітичне забезпечення органів державної влади та оперативно-службової діяльності, впровадження результатів наукових досліджень у практичну діяльність СБУ й освітній процес, підготовка наукових кадрів вищої кваліфікації.